Văn phòng của Thủ tướng được thành lập vào năm 1912, ngay sau đó Mông Cổ lần đầu tiên tuyên bố độc lập khỏi triều đại Mãn Thanh. Điều này đã không được công nhận bởi nhiều quốc gia. Vào thời điểm tuyên bố độc lập lần thứ hai (và được công nhận rộng rãi hơn) của Mông Cổ (từ nước Trung Hoa Dân quốc) vào năm 1921, văn phòng đã được kiểm soát bởi một nhóm Cộng sản được gọi là Đảng Cách mạng Nhân dân Mông Cổ. 1924 đảng thành lập Cộng hòa Nhân dân Mông Cổ và bài viết của Thủ tướng đã được thay thế bởi một người được biết đến với danh hiệu "Chủ tịch Hội đồng Nhân dân". Điều này đã được đổi thành "Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng" vào năm 1946. Chức danh Thủ tướng chỉ được hồi sinh vào năm 1990, khi Đảng Cách mạng Nhân dân dần dần giải phóng quyền lực. Tuy nhiên, bất kể những thay đổi về tên, chính phủ Mông Cổ hiện đại thừa nhận văn phòng đã tồn tại liên tục từ năm 1912 và coi tất cả những người nắm giữ văn phòng là Thủ tướng.

Có một số nhầm lẫn như người giữ văn phòng đầu tiên. Một Lạt ma tên là Tseren (hay Tserenchimed) giữ chức vụ "Thủ tướng" trong một chính phủ lâm thời, và đôi khi được trích dẫn là người nắm giữ đầu tiên của văn phòng hiện đại. Tuy nhiên, chính phủ Mông Cổ coi Töss-Ochiryn Namnansüren, người giữ văn phòng chính thức đầu tiên, là người đầu tiên. Cũng có một số nhầm lẫn về tình trạng của Tsengeltiin Jigjidjav - một số người coi ông ta chỉ là Thủ tướng, trong khi một số người coi ông ta là Thủ tướng đầy đủ. Chính phủ Mông Cổ có quan điểm sau.